TGen casestudy

De uitbraak van de COVID-2020 (SARS-CoV-19) -pandemie in 2 heeft de wereld verenigd in een gemeenschappelijke strijd, waarbij medisch personeel, onderzoekers en wetenschappers voorop lopen. Als organisatie die zich toelegt op "baanbrekend onderzoek met levensveranderende resultaten", maakt het Translational Genomics Research Institute (TGen), een dochteronderneming van City of Hope, deel uit van de wereldwijde medische gemeenschap die actief zoekt naar manieren om COVID- 19.

TGen is een in Arizona gevestigd onderzoeksinstituut dat sinds 2002 onderzoek doet naar tal van ziekten en vormen van kanker bij de mens. Om de wereldwijde strijd tegen COVID-19 te helpen, werkt TGen aan de ontwikkeling van een gecentraliseerde, geaggregeerde dataset die automatisch COVID- 19 gesequentieerde genomen en andere gerelateerde gegevens uit meerdere bronnen. Deze dataset kan helpen bij het verbeteren van onderzoek, data-analyse en het vergroten van het begrip van het virale genoom.

UITDAGINGEN

  • Gebrek aan een gedeelde gegevensopslagplaats van het SARS CoV-2-genoom en gerelateerde metadata
  • Tijdrovende data-analyseprocessen
  • Moeilijkheden bij het delen van kennis tussen onderzoekers wereldwijd
  • Beperkte infrastructuurmogelijkheden om diverse computationele werkstromen uit te voeren

OPLOSSING

phoenixNAPis gewoonte Hardware-as-a-Service oplossingen aangedreven door Intel Xeon Dual Gold 6258R CPU's, Intel NVMe's (P4610) met gebruik van Intel VROC, Intel NIC's en Intel Optane persistent geheugen, waardoor de geheugencapaciteit wordt uitgebreid (128 Gb DRAM + 1536 GB Intel PMem); Intel® Tofino ™ Programmeerbare Ethernet Switch-producten.

RESULTATEN

  • Snelle gegevensverwerking met Intel PMem in vergelijking met traditionele RAM
  • Gecentraliseerd platform voor wereldwijde gegevenstoegang en -analyse
  • Geïntegreerde database voor efficiënter onderzoek op wereldschaal
  • Geoptimaliseerde infrastructuur voor computerzware workloads

"Het doorzoeken van genetische gegevens voor nuttige informatie is cruciaal om patiënten sneller te kunnen behandelen, en we zijn verheugd om met Intel samen te werken met behulp van technologieën zoals Persistent Memory om niet alleen het tempo van ontdekking te versnellen, maar ook ons ​​vermogen om antwoorden in de gegevens te vinden. TGen kijkt ernaar uit om Intel Persistent Memory te gebruiken om de prestaties van genomics DB te versnellen."

-James Lowey, CIO, TGen